Basis des UCS 3.0 ist Debian 6.0 Squeeze. Die Linux-Distribution unterstützt bereits Samba 4 und kann damit als Domänencontroller für komplexe Active Directory-Umgebungen eingesetzt werden, es lassen sich jedoch auch weiterhin Domänendienste auf Basis von Samba 3.x nutzen.

Univention hat die Werkzeuge für die Systemadministration, die Verwaltung von Domänen und die Virtualisierung in einer neuen Anwendung zusammengeführt, um Administratoren einen zentralen Anlaufpunkt für die Konfiguration zu bieten. Die Univention Management Console genannte Anwendung basiert auf Ajax und bietet Schnittstellen zur Integration weiterer Anwendungen, so dass sich ihr Funktionsumfang noch erweitern lässt. Standardmäßig bietet sie ein Modul für die webbasierte Konfiguration vieler Einstellungen, die früher bei der Installation festgelegt werden mussten, so dass sich virtualisierte und physikalische Maschinen schnell duplizieren und für bestimmte Zwecke einrichten lassen.

Darüber hinaus wurden Mailsystem und Firewall in UCS 3.0 überarbeitet und die Unterstützung von IPv6 verbessert. Die Virtualisierungskomponenten Xen und KVM wurden ebenso aktualisiert wie das Monitoring-Tool Nagios.